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Los colorantes de Hematoxilina están formados básicamente por lacas metálicas de hematoxilina oxidada con iones divalentes o trivalentes. El mecanismo de tinción se realiza mediante uniones covalentes del complejo metal-hematoxilina con radicales aniónicos del tejido. En el caso del material nuclear en la reacción intervendrían los grupos aniónicos del ácido fosfórico del ADN. La selectividad de la tinción se incrementa con el medio ácido del colorante, ya que dificulta la coloración de elementos de carácter anfótero, como son los aminoácidos de las proteínas. Los núcleos aparecen azul a violeta oscuro.